應扣稅額短扣
扣繳義務人繳納扣繳稅款以後，如果發現短扣扣繳稅款，則應由扣繳義務人補繳 ，但扣繳義務人得向納稅義務人追償。
溢扣應扣稅額
扣繳義務人於繳納扣繳稅款後，如發現有溢扣情事，應將溢扣溢扣之稅款退還納稅義務人 (即所得人 )，並向所轄國稅局分局、稽徵所、服務處 申請退還或就其 同年度應扣繳稅款內留抵 。
注意：
溢扣應扣繳稅款內留抵例外
已屆年度結束，僅能申請退還稅款，無法辦理留抵 。
溢扣應扣繳稅款內退還例外
納稅義務人已將該筆溢扣繳稅款之所得，合併其取得年度之綜合所得申報繳納，不得申請退還稅款 。