分公司本身不具有獨立人格 ，不能為權利義務主體。是分公司申請營利事業歇業 (註銷 )登記經核准，不適用所得稅法第 92條第 1項營利事業有解散、廢止、合併或轉讓，或機關、團體裁撤、變更時，扣繳義務人應隨時就已扣繳稅款數額，填發扣繳憑單，並於十日內向該管稽徵機關辦理申報。其已扣繳稅款應 由總公司於次年 1月底前彙總申報，其涉有短漏報情事者，應依同法相關規定處罰。
總公司與分公司分設不同縣市，可由分公司有會計人員，扣繳所得稅；若分公司員工之薪資由總公司集中計算給付者，得由總公司扣繳所得稅，但分公司員工薪資所得部分之報繳稅款，仍應由分公司向當地稽徵機關報繳 。
分支機構之扣繳稅款 ，可由總公司使用分支機構所在地稽徵機關印製之繳款書 ，填寫分支機構之名稱、扣繳統一編號、地址 向總公司所在地之代理公庫繳納。
年度終了時，總公司向所在地稽徵機關彙辦扣免繳資料， 免再填報總分支機構各類所得資料申報明細表 ，改按分支機構別填具各類所得資料申報書 ，俾便受理之稽徵機關將各類所得資料申報書建檔後，由財政資訊中心轉檔提供各稽徵機關運用。