高雄國稅局將於113年4月9日後，就教育、文化、公益、慈善機關或團體111年度結算申報案件進行選案查核。以下為其結算申報案件歷年來較易誤解及疏失之申報型。
- 以前年度之結餘款於當年度留用部分非屬當年度收入，不得計入當年度收入項下。
- 銷售貨物或勞務之所得，除銷售貨物或勞務以外之收入不足支應與其創設目的有關之支出時，得將該不足支應部份扣除外，應依法課徵所得稅。
- 機關團體獲配國內營利事業之股利〈包含股票股利〉，係屬孳息收入，應列為銷售貨物或勞務以外收入，並計算課稅所得額時，自107年度起不得自該收入中減除。
- 機關團體取得政府補助款時，應審視補助款性質，如屬承辦政府委辦業務或相對提供勞務、服務而取得代償者，其收入應列為銷售貨物或勞務收入。
- 依章程規定，限於以其基金之孳息用於其創設目的之支出者，其年度中之受贈收入，如未及於會計年度終了前依規定向法院申請登記為財產總額之增加並辦妥變更登記者，該筆受贈收入應計入當年度收入項下。
- 營利事業依職工福利金條例第2條第1項第3款自職工薪津內扣撥職工福利委員會之職工福利金〈自提儲金〉，屬福利基金之增加，得免視為該
職工福利委員會當年之收入，但福利基金之孳息不包括在內。
- 財產總額或當年度收入總額達新臺幣一億元以上之教育、文化、公益、慈善機關或團體，其本身之所得及附屬作業組織之所得免納所得稅者，除應符合免納所得稅相關規定外，並應委託經財政部核准為稅務代理人之會計師查核簽證申報。
- 下列事項非屬當年度支出，不得計入當年度支出項下
- 以前年度結餘款於當年度運用部份。
- 其他與創設目的無關之支出。
- 機關團體購置建物或設備等資產，如於購置年度將購置成本全額列為創設目有關活動支出，則於資產耐用年限內，不得再按年提列折舊列為支出，以避免同一筆固定資產金額重複列報支出。
- 機關團體未依其設立之法律或主管機關訂定之業務監督準則或財務處理辦法等規定提列(撥)並報請主管機關核准之基金或準備金，不得計入當年度支出。
- 結餘款使用計畫應含計畫項目、金額及期限，使用計畫之期限以次年度起算4年為限，如使用計畫之運用跨2個年度以上，應編列各年度計畫金額明細。
- 結餘款使用計畫項目應具體明確並與章程所載之設立宗旨或應辦理之業務相符。
- 結餘款使用計畫應與當年度收支決算所載全部結餘款金額相符。
- 應就當年度全部結餘款編列具體使用計畫，不得慬就某特定專案收入編列。
- 結餘款如作為購置不動產使用，該項不動產之用途，應與章程所載之設立宗旨或應辦理之業務相符
- 當年度結餘款未依經主管機關查明同意之使用計畫支出項目、金額或期間使用完竣，或其支用有不符合免納所得稅適用標準相關規定之情形者，稽徵機關就當年度全部結餘款依法課徵所得稅。
屬機關團體作業組織，檢視有無上列短漏情事。依稅捐徵法第48條之1規定，納稅義務人自動補報補繳所漏稅款並加計利息者，凡屬未經檢舉、未經稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查之案件即可免除處罰。