大部分民眾都知道醫藥費受到保險給付，不可申報綜合所得稅列舉扣除，我國的醫療保險大致上可以分為「實支實付型」、「日額型」、以及「團體險」等三種。但卻常誤以為只限實支實付之保險理賠，最常發生爭議的是日額型保險及團體保險。
舉例來說 ，小林(化名)在保險公司投保多筆日額型保單，108年度因癌症於醫院接受治療，住院長達46天，支付一筆住院醫療費用170,000元及一筆門診醫療費用80,000元，保險公司以小林(化名)提供之醫師診斷證明書，理賠甲君住院醫療460,000元及門診醫療3,000元，所以小林(化名)支付醫院之住院醫療費用以全額受有保險給付，不可申報綜合所得稅醫藥費扣除，僅可列報未獲保險理賠之門診醫藥費77,000元(80,000元-3,000元)。
主要是否能列報扣除的重點應為該項目金額是否有列為保險公司理賠的項目
儘管是日額型保單，保險公司仍是以住院為理賠依據，
故住院部分的醫療費用無法列舉扣除。
不具有醫療性質或營利性質等支出都不可列入醫療費與生育補助費扣除額
另外值得民眾留意的是，在「扣除額」類別中，雖然捐款、醫療費用都能申報扣除，但醫美、整形、坐月子等支出都不可列入醫療費與生育補助費扣除額，因為坐月子中心並非醫院執行業務的範圍，性質屬於營利事業，即使是醫院附設的坐月子中心費用，也不能申報醫藥及生育費扣除額。而美容而進行的整形，像是割雙眼皮、拉皮、隆鼻等，也不屬於醫療性質的手術，因此其醫藥費均不得申報列舉扣除。