當營利事業被主管稽徵機關通知調帳查核，相當耗時費神。也因應網路消費形態的興盛，主管稽徵機關查核重點如下
A 收入篇
- 加強跨機關資料蒐集
- 加強與外匯收入及進口貨物之勾稽
- 信用卡資料的蒐集
- 網路資料的蒐集
- 漏報無扣免繳憑單之收入
B 成本費用篇
- 取具擴大書審案件憑證過多
- 取具關係人憑證過多
- 取具不實進項憑證或進項憑證不足
- 財稅差異未予以調整
- 永久性差異：費用超限
- 時間性差異：已實現始得認列〈投資損益、兌換損益〉
C 其他
- 帳載不實費用，稅上自行調減減除
- 預收款或應付款項加強查核
- 資產負債表與損益表查核勾稽顯有異常
- 商品融資借款之營收調節
- 其他高風險查核案例