實施兩稅合一後，由於綜合所得稅的法定最高稅率為40%，而營利事業所得稅的法定最高稅率為20%。營利事業分配盈餘給股東會造成股東個人所得稅稅賦負擔大幅增加，於是在未分配盈餘會有所著墨。
依照所得稅法第66-9條規定
自八十七年度起至一百零六年度止，營利事業當年度之盈餘未作分配者，應就該未分配盈餘加徵百分之十營利事業所得稅；自一百零七年度起，營利事業當年度之盈餘未作分配者，應就該未分配盈餘加徵百分之五營利事業所得稅。
在於加徵百分之五的營利事業所得稅與股東個人綜合所得稅可高達百分之四十的差距。
依照產業創新條例第23-3條規定
為促進營利事業以盈餘進行實質投資，提升生產技術、產品或勞務品質，自辦理一百零七年度未分配盈餘加徵營利事業所得稅申報起，公司或有限合夥事業因經營本業或附屬業務所需，於當年度盈餘發生年度之次年起三年內，以該盈餘興建或購置供自行生產或營業用之建築物、軟硬體設備或技術達一定金額，該投資金額於依所得稅法第六十六條之九規定計算當年度未分配盈餘時，得列為減除項目。
也就是如果公司或有限合夥事業因經營本業或附屬業務所需，於當年度盈餘發生年度之次年起3年內，以該盈餘興建或購置供自行生產或營業用之建築物、軟硬體設備或技術，實際支出金額之合計數達新臺幣（下同）100萬元，該投資金額得列為當年度未分配盈餘之減除項目。
填寫「適用產業創新條例第23條之3未分配盈餘實質投資明細表」(即營利事業所得稅結算申報書租稅減免附冊第A30頁，填表範例詳如附表)，及檢附相關證明文件，供所在地稅捐稽徵機關審查。即可列未分配盈之減除項目。