我國綜合所得稅係採夫妻合併申報制度，若納稅義務人除與配偶在年度中結婚或離婚，於辦理該年度綜合所得稅結算申報時，得選擇分別或合併申報。
感情不睦分居狀況的夫妻但尚未有法定事由者，仍應於申報書上填寫配偶姓名及身分證統一編號，各自申報繳稅後，再由稽徵機關合併計算稅額。如須申請分別開單計稅者，另於申報書勾選「分別開單計稅」。
另依所得稅法第15條第1項規定，納稅義務人與配偶分居，須符合財政部訂定下列四種情形，免合併歸戶核課。
（一）符合民法第1010條第2項難於維持共同生活，不同居已達6個月以上，向法院聲請宣告採用分別財產制者。
（二）符合民法第1089條之1不繼續共同生活達6個月以上，經法院裁定未成年子女權利義務之行使或負擔者。
（三）依家庭暴力防治法規定取得通常保護令者。
（四）於取得前款通常保護令前，已取得暫時或緊急保護令者。
如因以上四項法定事由夫妻可各自辦理結算申報及計算稅額免合併歸戶核課，注意須檢附相關文件。其中，感情不睦，如下第〈一〉點及第〈二〉點需檢附法院裁定書影本；第〈三〉點及第〈四〉因家暴，則檢附通常保護令影本或暫時或緊急保護令影本。
若分居原因不符以上四項法定事由，夫妻綜合所得稅未合併辦理結算申報致短漏稅額，經該局查獲後除補稅外，並依法處漏稅額0.2倍罰鍰。
納稅義務人與配偶並非以民法第1010條第2項，向法院聲請宣告採用分別財產制者。而是自行向法院聲請登記以分別財產制作為夫妻財產制者，則表示夫妻適用分別財產制的原因是出於婚姻當事人之自由選擇，仍然不得分開辦理結算申報及計算稅額。